انطلاقًا من رؤية السعودية 2030 في تعزيز التنمية المستدامة، اتخذت الهيئة ضمن استراتيجيتها التزامًا نحو تحقيق مستهدفاتها المتمثلة في تمكين استدامة الاقتصاد وازدهار المجتمع بكفاءة وفعالية عن طريق حماية الوطن، وتيسير التجارة، وتعزيز المنظومة الزكوية والضريبية والجمركية، وذلك عبر وضع أطر تنفيذية، ومن أهمها: إدارة الموارد الطبيعية المتاحة وترشيد الإنفاق، واستخدام التكنولوجيا الحديثة لمعالجة التحديات في تنمية الموارد من دون الإخلال بالنظام البيئي، وتعزيز الابتكار والرقمنة وأتمتة الخدمات للحد من التعاملات الورقية، ووضع آليات لضمان المشاركة العادلة والسيطرة على الازدواج الضريبي والتستر التجاري، وتنمية القدرات البشرية.